主要區別在于機械制造及其自動化專業偏向機械方面，自動化專業主要研究自動控制理論以及電氣、電子等方面內容。
自動化：
側重控制方面，比如說一臺機械手，或是機器人。自動化專業就是研究如何控制機械手動作的，如繼電器、行程開關、PLC、DCS等模塊化控制。
機械自動化：
側重設計和裝配。還比如一臺機械手，機械制造及其自動化專業就是研究機械手各個部件生產出來的全過程，每個零件的尺寸、精度等，各個零件裝配時間隙等等。
自動化專業專業有三個發展方向，第一個是工業過程控制方向，第二個是電氣工程方向，第三個是嵌入系統方向。
1.工業過程控制方向：
以自動控制、計算機技術為支撐，針對實際工業生產過程實現自動控制，由信號檢測與變換、過程控制、計算機控制系統、智能控制和現場總路線控制技術等組成方向主干課。
2.電氣工程方向：
使學生能夠從事電力系統自動化、工廠企業、樓宇系統的供電和電氣控制、監控等領域的設計開發、維護和管理工作。由電氣控制技術、運動控制、PLC應用技術、供電技術、電力系統繼電保護等組成方向主干課。
3.嵌入系統方向：
注重對嵌入式系統設計與軟件設計能力的培養，理論結合實踐，通過課堂教學、實驗等多種形式的學習，培養嵌入式系統方向的專業人才;由嵌入式系統設計、嵌入式實時操作系統、DSP技術、先進顯示技術、控制電機等組成方向主干課。
